Foi na África que Verger viveu o seu renascimento, recebendo o nome de Fatumbi, “nascido de novo graças ao Ifá“, em 1953. A intimidade com a religião, que tinha começado na Bahia, facilitou o seu contato com sacerdotes e autoridades e ele acabou sendo iniciado como babalaô – um adivinho através do jogo do Ifá, com acesso às tradições orais dos iorubás. Além da iniciação religiosa, Verger começou nessa mesma época um novo ofício, o de pesquisador. O Instituto Francês da África Negra (IFAN) não se contentou com os dois mil negativos apresentados como resultado da sua pesquisa fotográfica e solicitou que ele escrevesse sobre o que tinha visto. A contragosto, Verger obedeceu. Depois, acabou se encantando com o universo da pesquisa e não parou nunca mais.
Apesar de ter se fixado na Bahia, Verger nunca perdeu seu espírito nômade. A história, os costumes e, principalmente, a religião praticada pelos povos iorubás e seus descendentes, na África Ocidental e na Bahia, passaram a ser os temas centrais de suas pesquisas e sua obra. Ele passou a viver como um mensageiro entre esses dois lugares: transportando informações, mensagens, objetos e presentes. Como colaborador e pesquisador visitante de várias universidades, conseguiu ir transformando suas pesquisas em artigos, comunicações e livros. Em 1960, comprou a casa da Vila América. No final dos anos 70, ele parou de fotografar e fez suas últimas viagens de pesquisa à África.
Em seus últimos anos de vida, a grande preocupação de Verger passou a ser disponibilizar as suas pesquisas a um número maior de pessoas e garantir a sobrevivência do seu acervo. Na década de 1980, a Editora Corrupio cuidou das primeiras publicações no Brasil. Em 1988, Verger criou a Fundação Pierre Verger (FPV), da qual era doador, mantenedor e presidente, assumindo assim a transformação da sua própria casa na sede da Fundação e num centro de pesquisa. Em fevereiro de 1996, Verger faleceu, deixando à Fundação Pierre Verger a tarefa de prosseguir com o seu trabalho.
